Comment la PCR en temps réel fonctionne-t-elle avec le virus COVID-19?

La RT – PCR est la méthode la plus précise disponible pour la détection du virus COVID-19 puisque la technique de RT – PCR en temps réel est très sensible et spécifique et peut fournir un diagnostic fiable en aussi peu que trois heures. Par rapport aux autres méthodes d'isolement de virus disponibles, la RT – PCR en temps réel est nettement plus rapide et présente un moindre potentiel de contamination ou d'erreurs, car l'ensemble du processus peut être effectué dans un tube fermé.

Étapes du travail de RT – PCR avec le virus COVID-19:

Après avoir prélevé un échantillon sur le nez ou la gorge d’une personne, l’échantillon est traité avec plusieurs solutions chimiques qui éliminent des substances telles que les protéines et les graisses et qui n’extraient que l’ARN présent dans l’échantillon. Cet ARN extrait est un mélange du propre matériel génétique de la personne et, s’il est présent, de l’ARN du virus.

L'ARN est transcrit inverse en ADN en utilisant une enzyme spécifique. Les scientifiques ajoutent ensuite de courts fragments d'ADN supplémentaires qui sont complémentaires de parties spécifiques de l'ADN viral transcrit. Si le virus est présent dans un échantillon, ces fragments se fixent sur des sections cibles de l'ADN viral. Certains des fragments génétiques ajoutés sont utilisés pour construire des brins d'ADN lors de l'amplification, tandis que les autres sont utilisés pour construire l'ADN et ajouter des marqueurs aux brins, qui sont ensuite utilisés pour détecter le virus.

Le mélange est ensuite placé dans une machine RT-PCR. La machine passe par des températures qui chauffent et refroidissent le mélange pour déclencher des réactions chimiques spécifiques qui créent de nouvelles copies identiques des sections cibles d'ADN viral. Le cycle est répété encore et encore pour continuer à copier les sections cibles d'ADN viral. Chaque cycle double le nombre précédent: deux copies deviennent quatre, quatre copies deviennent huit, et ainsi de suite. Une configuration standard de RT-PCR en temps réel passe généralement par 35 cycles, ce qui signifie qu'à la fin du processus, environ 35 milliards de nouvelles copies des sections d'ADN viral sont créées à partir de chaque brin du virus présent dans l'échantillon. .

Au fur et à mesure que de nouvelles copies des coupes d’ADN viral sont construites, les marqueurs se fixent aux brins d’ADN puis libèrent un colorant fluorescent, qui est mesuré par l’ordinateur de la machine et présenté en temps réel à l’écran. L'ordinateur suit la quantité de fluorescence dans l'échantillon après chaque cycle. Lorsqu'un certain niveau de fluorescence est dépassé, cela confirme la présence du virus. Les scientifiques surveillent également le nombre de cycles nécessaires pour atteindre ce niveau afin d'estimer la gravité de l'infection: moins il y a de cycles, plus l'infection virale est grave.